Ardern disse ter tomado conhecimento das alegações na terça-feira, afirmando que o ministro tinha demonstrado uma significativa falta de discernimento.
"As suas ações acabaram por me levar a perder a confiança nele enquanto ministro", disse Ardern.
A governante afirmou que Iain Lees-Galloway teve um caso consensual durante cerca de um ano com uma mulher que inicialmente esteve empregada numa das agências sob supervisão do ministro, e que mais tarde trabalhou como funcionária no seu gabinete.
A primeira-ministra neozelandesa, que lidera o Partido Trabalhista, de centro-esquerda, disse que o ministro se expôs a acusações de ter usado indevidamente o cargo, sobretudo por ter a tutela das relações laborais e segurança no trabalho.
Lees-Galloway, de 41 anos, aceitou a decisão de Ardern e pediu desculpa, precisando que não seria candidato nas próximas eleições, que se realizam em setembro.
"Agi de forma completamente inadequada na minha posição e não posso continuar como ministro", admitiu Lees-Galloway numa declaração, citada pela agência Associated Press (AP).
O caso foi o mais recente de uma série de escândalos no Parlamento da Nova Zelândia.
Um dia antes, o deputado da oposição Andrew Falloon demitiu-se, após ter alegadamente enviado imagens sexualmente explícitas a várias mulheres, incluindo uma estudante universitária.
Falloon não comentou as alegações, mas pediu desculpa por ter cometido erros não especificados, informando que estava a receber aconselhamento em matéria de saúde mental.
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