Em São Petersburgo, no Estádio Krestovsky, o médio português entrou no restrito grupo dos ‘100', em que fazem parte Cristiano Ronaldo (142), Luís Figo (127), Fernando Couto (110) e Nani (109).

Formado pelos ‘leões', Moutinho vestiu pela primeira vez a camisola da seleção principal a 17 de agosto de 2005, num particular frente ao Egito, em São Miguel, no Açores, que Portugal venceu por 2-0. O médio, na altura com apenas 18 anos, foi lançado por Luiz Felipe Scolari no arranque da segunda parte.

Em destaque no Sporting, Moutinho chamou a atenção do técnico brasileiro, mas acabou por ficar de fora do lote final de convocados para o Mundial2006.

Após falhar a competição que decorreu na Alemanha, e em que a seleção nacional alcançou as meias-finais, o jogador algarvio ganhou espaço na equipa de Scolari e foi selecionado para estar no Euro2008, na Áustria e Suíça, tendo participado em todos os jogos de Portugal na prova (foi eliminado nos quartos de final).

Com a chegada de Carlos Queiroz ao cargo de selecionador, Moutinho acabou por ser menos utilizado e falhou mesmo a presença no Mundial2010, na África do Sul, em que Portugal foi eliminado nos oitavos de final.

Primeiro com Paulo Bento e depois com Fernando Santos, João Moutinho tornou-se ‘dono' do meio campo de Portugal e somou mais três presenças em fases finais, incluindo no Euro2016, em que se sagrou campeão europeu.

Ao todo, aos 30 anos, o ‘pequeno' médio (mede 1,71 metros) esteve em três Campeonatos da Europa e num Mundial.

O jogador do Mónaco, apesar de ter entrado no restrito grupo de centenários, no capítulo dos golos soma apenas cinco, enquanto Rui Costa, que atuava como médio mais ofensivo, despediu-se da seleção com 26.

Moutinho marcou pela primeira a 31 de maio de 2008, num particular com a Geórgia (2-0), em Viseu, num jogo que serviu de preparação para a fase final do Euro2008.

Dos sete golos marcados com a camisola das ‘quinas', o mais importante aconteceu a 8 de outubro de 2015, em Braga, num remate certeiro que garantiu o triunfo sobre a Dinamarca (1-0) e confirmou o apuramento de Portugal para o Euro2016.

Já durante a qualificação para o Mundial2018, Moutinho assinou o seu nome na lista de marcadores na goleada alcançada na Ilhas Faroé, por 6-0.